本處共設置：
處長一名、副處長一名，及財務管理科、菸酒管理科、財產管理及開發科
、庫款支付科、產業發展科、工商管理科共六科。
目前正式員額編制：
一、財務管理科設置科長一名、科員四名、辦事員一名。
二、菸酒管理科設置科長一名、科員三名。
三、財產管理及開發科設置科長一名、科員四名、辦事員一名、書記一名。
四、庫款支付科設置科長一名、專員一名、科員三名、辦事員二名、工友一名。
五、產業發展科設置科長一名、科員二名。
六、工商管理科設置科長一名、科員二名、辦事員二名。
職掌及業務介紹：
處長
綜理有關財政、支付、菸酒、財產管理、產業開發及工商管理等事務。
副處長
輔佐處長督導各項財政事務。
財務管理科
(一)會編年度總預算
(二)辦理墊付款
(三)協助行政罰鍰入庫執行
(四)辦理各項規費法制及其入庫執行
(五)各項憑證抽查繳庫結存彙報
(六)縣庫調度及債務管理
(七)會辦各項歲出入經費
(八)協助稽徵稅捐、中統及縣統稅設算及分配
(九)會同開闢其他自治財源
(十)檢查代庫，健全庫務
(十一)核編收支月報表供施政
(十二)會同審查災害預備金動支情形
菸酒管理科
(一)綜理菸酒抽檢、稽查私劣菸酒及宣導相關法令暨財經處消保等相關業務
(二)綜理執行違反菸酒管理法罰鍰及扣押物之銷毀案
(三)綜理商品標示法相關業務
(四)綜理離島免稅購物商店同意許可招標及履約管理
庫款支付科
(一)辦理本府及所屬機關學校集中支付業務 。
(二)協助預算控制，嚴密財務管理 。
(三)稽核工作績效，確保庫款安全 。
(四)辦理公款收納及支付 。
(五)辦理薪資發放及所得稅扣繳申報。
財產管理及開發科
(一)辦理縣有財產產籍管理 。
(二)縣有基地租金徵收及使用補償金收繳 。
(三)辦理非公用財產出租、標租或讓售、標售 。
(四)處理縣有土地占用問題 。
(五)督導各機關學校財產管理。
(六)辦理縣有財產報廢物品拍賣。
(七)辦理公有房舍屋頂太陽光電標租履約。
產業發展科
(一)本縣產業政策及計畫之整合。
(二)統合產業發展招商計畫。
(三)統合產業投資輔導及獎勵資源之提供與利用。
(四)經濟部地方產業發展基金補助與輔導。
(五)深層海水產業發展招商與輔導之相關事項。
(六)統合輔導業者辦理投資、融資業務。
(七)工業策進與中小企業輔導業務。
(八)推動民間參與公共建設業務。
(九)工商業人才培育業務。
(十)重大投資計畫單一窗口。
(十一)會議展覽服務業發展業務。
工商管理科
(一)工業、礦業及商業行政管理業務
(二)工廠設立、變更、歇業登記業務
(三)商業設立、變更、停業、歇業登記業務
(四)消費者保護業務
(五)電子遊戲場業設立登記核准發證事項
(六)公平交易法業務推行及宣導
(七)公有零售市場及攤販管理
(八)加油站、加氣站申設及管理業務
(九)液化石油氣業務
(十)電氣承裝業管理
(十一)用電設備檢驗維護業及用電場所登記
(十二)自來水承裝業管理
(十三)自來水及簡易自來水業務
(十四)再生能源推廣業務